Pour les personnes étudiantes au doctorat, les exigences académiques sont plus importantes : 60 heures de modules obligatoires, plus 15 heures de contenu optionnel, pour un total de 75 heures, ainsi que 45 heures d'ateliers obligatoires et 15 heures d'ateliers optionnels, pour un total de 60 heures. Les étudiants au doctorat complètent un stage de mobilité plus long, d'au moins deux mois, selon le même processus avec un plan de recherche préalablement approuvé et d'un rapport post-stage. Leur stage de formation industrielle s'étend sur 8 mois, offrant une exposition plus approfondie à la mise à l'échelle de la production, au contrôle de la qualité et aux affaires réglementaires et liées aux essais cliniques, sous la supervision d'un mentor. Comme pour les personnes étudiantes à la maîtrise, les stagiaires au doctorat doivent participer à au moins 50 % des webinaires et des Journées annuelles de recherche, et compléter 6 modules de formation chez Mitacs ou à l’institution-hôte.